通过东小金枪鱼的基因组学分析及其物理化学特性,发现小金枪鱼的细菌群落比较( 金银花 )有储存温度差异

摘要：水产品收获后处理和卫生水平严重影响质量和安全水平。冷链控制是鱼类品质和在鱼类上生长的细菌群落的决定因素之一。必须对水产品中的变质细菌和病原体进行鉴定,因为这将决定物理和化学质量。一种高灵敏度的分子识别方法是溶液.这项研究的目的是确定鱼类和生长的细菌群落的质量。研究程序包括样品采集、酸碱度测定、滴漏测量、运输和冷库处理、DNA提取、DNA测序,序列分析和生物信息学分析。本研究得出的结论是,应用于东部小金枪鱼的冷链系统的模拟对水活性值、PH值和滴滴损失的变化没有显著影响。微不足道的变化表明,东部小金枪鱼的样品质量仍然很好。生物信息学分析显示,生物群落中最高的多样性和丰度来自于本研究得出的结论是,应用于东部小金枪鱼的冷链系统的模拟对水活性值、PH值和滴滴损失的变化没有显著影响。微不足道的变化表明,东部小金枪鱼的样品质量仍然很好。生物信息学分析显示,生物群落中最高的多样性和丰度来自于本研究得出的结论是,应用于东部小金枪鱼的冷链系统的模拟对水活性值、PH值和滴滴损失的变化没有显著影响。微不足道的变化表明,东部小金枪鱼的样品质量仍然很好。生物信息学分析显示,生物群落中最高的多样性和丰度来自于生物信息学分析显示,生物群落中最高的多样性和丰度来自于生物信息学分析显示,生物群落中最高的多样性和丰度来自于 质蛋白杆菌 上课。

关键词: 生物信息学;东部小金枪鱼;鱼类处理;元基因组;食物质量

导言
对渔业产品的需求量有所增加,2019年全国鱼类消费量平均为54.50%,就是明证。具有高商业价值的鱼类商品有:金枪鱼、东部小金枪鱼和金枪鱼。东部小金枪鱼有完全的营养成分和经济价值。该石竹科在2021年的产量达到17.4700万吨,分布在全球和国内的当地市场( BPS, 2021 )。鱼的分配过程必须适当进行,因为鱼是易腐的食物。因此,致病微生物和非致病微生物易于生长。在分配过程中需要正确的温度,以避免品质恶化( 庄等人。,2021年 )。鱼类产品的保质期和品质由冷链中的时间和温度决定( 洛伦兹等人。,2022年 )。冷链是产品加工系统的一部分,其目的是在处理过程中保持产品温度,以免降低产品质量。

冷链中的各个阶段需要考虑到鱼的质量,在产品到达消费者手中之前,先对鱼进行初步处理、加工到陆地、运输和储存。冷链的原理是控制鱼类的温度保持在低的,接近于0摄氏度,以保持鱼类在分配过程中的质量。低温的应用可以用冰介质进行.储存温度影响鱼类的化学性质,例如组胺水平( 护士等。,2019 )、感官物理特性( 拉卡帕等人。,2021年 )以及鱼类体内细菌和真菌的生长( 庄等人。,2021年 )。东部小金枪鱼的品质在低温下保持良好,因为通过改变组胺可以最大限度地减少细菌形成组胺。组胺化合物是食用东部小金枪鱼后中毒的原因。产生组氨酸脱羧酶作为组织胺形成的细菌在低温下是不活跃的( 诺里塔等人。,2019 )。金枪鱼的不饱和脂肪易于氧化、降解、分解和变性,降低鱼的品质。

鱼类的质量也受到温度和处理等环境因素的影响。传统市场出售和加工的金枪鱼和现代市场的鱼有不同的品质。来自传统市场的鱼比来自现代市场的鱼具有更高的相对丰富性和多样性,并可能受到传统市场鱼类卫生条件差的影响。传统市场上的鱼是在不加冰的情况下在户外出售的,鱼和香蕉叶的直接接触被用作包装。在传统市场上处理鱼类不使用手套,因此它可能成为污染源。现代市场卖的鱼都是玻璃容器里的冰,不暴露在室外空气中,处理时保持高度卫生。在处理方法上的这种差异是导致这两个地方鱼体内细菌多样性和群落差异的原因。低温储存是防止细菌生长的最佳方法。在高温(30℃)储存的金枪鱼在毒性水平上组织胺浓度增加(在高温(30℃)下储存的金枪鱼组织胺浓度在毒性水平上增加(在高温(30℃)下储存的金枪鱼组织胺浓度在毒性水平上增加( 阿诺德等人。,1980年 )。储存温度的差异影响到生长的细菌种类.

利用DNA样品可以分析在不同温度下生长的细菌群落,以表明其化学结构。接下来的步骤是,从提取过程中提取的DNA通过对目标DNA片段设计的引物对进行独立扩增,然后进行测序。利用生物信息学分析对细菌群落多样性进行了估计。然后通过DNA分子测序鉴定分析结果.使用16S核糖体RNA(rrna)序列进行DNA分析是一种常用的方法,因为它具有高精度,碱基长度为1500BP( 简加拉等人。,2015年)。16srrna序列有9个片段,本研究中使用的片段是v3-v4。这个片段可以增加α的多样性,如香农和辛普森指数值。这两个指标的值是测量样品中细菌种类多样性的主要因素。分析结果表明该产品中存在的细菌群落.鱼体内的细菌类型将决定鱼的质量。因此,需要一个冷链系统来确定温度对传统市场获得的东部小金枪鱼的细菌群落和质量的影响。本研究旨在确定东部小金枪鱼的品质( 金银花 ),并找出生长在东部小金枪鱼表面的细菌群落( E. 阿芬尼斯 )由传统市场推出,采用冷链系统。

材料和方法
采集样本和细菌孵化
瓦隆贾布主市场(班塔贾蒂、博戈尔、西爪哇)的鱼类样品用塑料包装,在新鲜条件下用冰放在一个凉爽的盒子中运输。这项研究首先收集了12只新鲜的东部小金枪鱼( E. 阿芬尼斯)。鱼的新鲜度处于良好的感官状态,如明亮的眼睛,平坦的眼球和清澈的角膜。红色鳃的情况不那么明亮,没有粘液;在鱼的表面,粘液是透明的,没有颜色变化。鱼的质地紧凑,有弹性时,用一个手指,和物种特有的气味。鱼被用冷链系统运到实验室。鱼类在4摄氏度时被装在一个装满冰的凉爽盒子中运输。在样品到达实验室之后的第一步是对所有鱼类样品进行初步酸碱值测量。每只东部的小金枪鱼都被放进一个塑料袋里--一只鱼作为样本未经处理(控制)。装鱼的塑料袋被放进三个标有"冰"的盒子,编码为A、B和C。每个盒子都装了三个鱼袋。箱内的鱼样本A、B和C分别在2°C、4°C和10°C的低温条件下储存24小时。储存温度是通过每两小时的观察和检查来维持的.如果温度从指定温度上升,则加入冰.鱼类样本的冷藏处理图见装鱼的塑料袋被放进三个标有"冰"的盒子,编码为A、B和C。每个盒子都装了三个鱼袋。箱内的鱼样本A、B和C分别在2°C、4°C和10°C的低温条件下储存24小时。储存温度是通过每两小时的观察和检查来维持的.如果温度从指定温度上升,则加入冰.鱼类样本的冷藏处理图见装鱼的塑料袋被放进三个标有"冰"的盒子,编码为A、B和C。每个盒子都装了三个鱼袋。箱内的鱼样本A、B和C分别在2°C、4°C和10°C的低温条件下储存24小时。储存温度是通过每两小时的观察和检查来维持的.如果温度从指定温度上升,则加入冰.鱼类样本的冷藏处理图见C和C分别在2°C、4°C和10°C的低温条件下储存24小时。储存温度是通过每两小时的观察和检查来维持的.如果温度从指定温度上升,则加入冰.鱼类样本的冷藏处理图见C和C分别在2°C、4°C和10°C的低温条件下储存24小时。储存温度是通过每两小时的观察和检查来维持的.如果温度从指定温度上升,则加入冰.鱼类样本的冷藏处理图见 Fig. 1 .

fas-26-10-593-g1Fig. 1. 东部小金枪鱼样本的冷藏处理。 框A,2摄氏度储存;框B,4摄氏度储存;框C,10摄氏度储存。下载原图
在鱼被处理后,东部小金枪鱼的表面(大约)。用无菌棉签(印度,印尼,克里安)擦洗了390毫米x100毫米,以获得细菌DNA。这一过程是通过轻轻地旋转无菌棉签的头部,垂直、水平和对角地摩擦鱼皮表面进行的。通过打破棉签无菌茎,将无菌棉签的结果插入每个培养玻璃管中,该培养玻璃管已经含有5毫升的0.5%(W/V)营养液(NB)。溶液中的棉签结果被培养出来。

然后用0.5%(W/V)NB溶液对东部小金枪鱼表面的样本进行孵化。含有棉签的螺杆玻璃管产生了0.5%的NB溶液,并在31℃的情况下用一个水浴摇瓶孵化24小时。在31℃的温度下孵化,适应海水温度条件。在被转移到一个1.5毫升的微管中,然后在10℃的温度下以17,000×克的速度离心10分钟,然后用漩涡混合培养结果。将上清剂丢弃,将颗粒制成细菌生物量,用于DNA分离。

DNA隔离
用商业性的凯根迪尼西血液和组织包进行了细菌DNA分离(奇根,德国,医学博士,美国)。分离技术使用了从以前的培养过程中获得的细菌生物量。DNA分离物在-20℃时储存,然后用于以下分析。

基因组的
应用下一代测序技术(NGS)对高浓度、纯度的DNA分离株进行了测序。浓度和纯度较好的DNA分离物有下列标准:1.8-2.0纯度,没有污染或降解,浓度为20纳克/克。符合这些标准的DNA分离物在美国加州圣迭戈的"光明"平台上进行了测序。该规范的读取长度与分配端250BP测序深度高达100,000原始标签和顺序数据质量75%的基数与Q30或以上。细菌16srna基因的靶点是用于扩增过程的引物。使用的可变区域是V3-V4,带前置引物34F:5'或倒置引物860R:5'或相反引物。

水活动测量
水的活动(a) w )样本的测量是用A w 米表(美国华盛顿普尔曼,米表组英寸)。样品被放入工具中提供的测量容器中.东部的小金枪鱼样品被插入样品杯,其体积不超过样品杯体积的一半(7.5毫升)。样品被放置在一个房间,关闭,5分钟后,阅读过程的结果出现在屏幕上。

滴损测量
从鱼肉排放引起的收缩中得到滴滴损失值。测量方法是对鱼、塑料包装和处理过程中流出的鱼肉中的水进行称重(W 1 )。鱼的称重和包装的结果降低了称重结果。所得到的值除以减去W 1 因为鱼包装的重量。所用公式如下。

W = (  w1 − w2 ) / (  w1 − w3 ) × 100 %  
W = drip loss value (%)

w 1 =包装重量、鱼类肉和鱼类中的水(克)

w 2 =包装及鱼类重量(克)

w 3 =包装重量(克)

数据分析
利用生物信息学软件对NGS数据进行了定量分析,并将其转化为有用的信息。用元基因组分析法对样品中的微生物群落进行分类分析。根据16个rrna基因序列确定了分类学分类信息。然后,利用微生物生态学的定量观察软件对所获得的序列数据进行了分析。其是一个微生物组生物信息学平台,用于利用分散的来源数据分析原始DNA序列数据,并提供新的视角。结果以数字及统计结果的形式公布( 博兰等人。,2019 )。分析采用了以下的管道:Cutoli插件被用于清理从底漆的NGS序列数据( Martin, 2011 )。这个清洗过程是通过使用DDA2插件( 卡拉汉等人。,2016年 )。这一步使用的是指间隔命令和超过200BP的最大EE1.5参数最小序列;特征分类器( 博库里奇等人。,2018年 )。所使用的命令是斯金恩和席尔瓦V138分类数据库( 奎斯特等人。2013年 )。席尔瓦数据库提供了关于细菌、古菌和真核菌的大小型子单元Rrna序列的数据集。数据集已更新,并定期检查质量( 奎斯特等人。2013年 ). The R program ( 核心小组,2013年 )是透过研究室( 工作室团队,2020年 )及安培士2号包裹( 安徒生等人。,2018年 ).

冷链系统模拟对鱼类品质的影响 w 利用科学社会(SPSS)软件程序的统计包分析了值、PH值和滴滴损失。这项研究是在一个完全随机化的设计(CRD)中进行的,采用了三级储存温度处理,即2℃、4℃和10℃,每一种鱼类都有三次复制。通过方差分析(ANOVA)或单向方差分析(单方差分析),对正常分布、均匀分布的数据进行分析。CRD测试模型如下。

R P = r ( ∑ P ; D     b s ; A ) ×  KTSr−−−−−√
Y Ij =得分

通用=均值

α 我 =储存温度处理一、2°C、4°C和10°C的效果

ε Ij =剩余或随机错误

使用的假设如下:

H0:不同的冷藏温度对鱼类储藏的影响并不影响鱼的质量参数的变化。

H1:鱼类储藏过程中不同的低温处理会影响鱼的品质参数的变化。

如果数据分析显示95%的置信区间(A=0.05),则有显著的效果。如结果显示有显著差异( P 用邓肯的方法进行了进一步的测试。邓肯的多距离试验是用下列公式进行的:

YIj  = μ +   α我 + εIj 
Rp=治疗的临界值

R=邓肯的显著范围值

α = significance level 5%

P =比较处理或范围值

DBS=自由度

Kts=中间广场

结果
酸碱值
已经完成的研究数据表明,未经过冷处理(对照)和经过冷处理的鱼的平均酸碱值发生了变化。样本酸碱值的变化见 表1 .控制样品中的平均酸碱值为6.18。样本A2、a4和a10的平均酸碱值分别为5.93、6.10和6.22( 表1 )。方差分析显示,冷库与PH值的变化无显著差异( P -value > 0.05).

Table 1. 东部小金枪鱼样本在低温下储存时的PH值
储存处理    酸碱值    比较数据
控制    6.18 ± 0.01 A    6.02 1)
A2    5.93 ± 0.14 航空公司    5.74 2)
A4    6.10 ± 0.10 航空公司    6.24 3)
A10    6.22 ± 0.11 A    6.25 4)
东部小金枪鱼样本A2,储存处理在2°C时;a4,储存处理在4°C时;a10,储存处理在10°C时。

a,b 同一列中相同的上标字母意味着方差测试结果的分析没有显著差异(A=0.05)。n=重复。

1) 数据来自 诺里塔等人。(2019年) .

2) 数据来自 皮阿努萨等人。(2015年) .

3) 数据来自 维拉纳塔等人。(2017年) .

4) 数据来自 萨利等人。(2018年) . n = 3.

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水活动
美国 w 获得的价值 表2 显示样本中使用的水微生物数目约为0.89至0.93 w 是1。方差分析结果表明,冷库与A区的变化无显著差异。 w 价值( P -value > 0.05).

Table 2. 美国 w 东部小金枪鱼样本在低温储存期间的价值
储存处理    A值 w (n = 3)
控制    0.907 ± 0.04 A
A2    0.898 ± 0.03 航空公司
A4    0.903 ± 0.01 b
A10    0.932 ± 0.05 航空公司
东部小金枪鱼样本A2,储存处理在2°C时;a4,储存处理在4°C时;a10,储存处理在10°C时。

a,b 同一列中相同的上标字母意味着方差测试结果的分析没有显著差异(A=0.05)。n=重复。

A w 、水活动。

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滴损值
样本滴漏的值可见于 表3 .结果是 表3 表明最低的滴漏百分比是在温度处理为2摄氏度的样品中,约为4.58%。10℃处理样品的滴滴损失值最高,约为5.66%。方差分析结果表明,冷储存与滴漏值的变化无显著差异。

Table 3. 东部小金枪鱼样本在低温下储存时的滴损值
储存处理    滴滴损失(%)
A2    4.58 ± 1.63 A
A4    5.35 ± 0.74 A
A10    5.66 ± 1.91 航空公司
东部小金枪鱼样本A2,储存处理在2°C时;a4,储存处理在4°C时;a10,储存处理在10°C时。

a,b 同一列中相同的上标字母意味着方差测试结果的分析没有显著差异(A=0.05)。n=重复。

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原始数据序列统计
原始数据序列在A2、A10和C1研究中的比较可见于 表4 . 表4 显示样本A2中的原始读数为135,206个序列,A10为179,639个序列,C1为187,101个序列。C1样本中的细菌DNA序列数目与A2和A10样本有显著差异。

Table 4. 原始数据统计
储存处理    输入    过滤    使改变身份    异形的
A2    135,206    109,381    108,513    16.61
A10    179,839    136,615    134,888    22.95
C1    187,101    146,137    144,158    40.61
东部小金枪鱼样本A2,储存处理温度为2°C;a4,储存处理温度为4°C;a10,储存处理温度为10°C;C1,鱼类温度为30°C。

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得到的序列结果可以用稀薄曲线描述。稀薄曲线 Fig. 2 显示在样品上进行的测序工作是相当好的。平面图显示排序深度足以识别样本中的所有调幅序列变体(ASV)。ASV值是操作分类单位的新名称。

fas-26-10-593-g2Fig. 2. 东部小金枪鱼样本A2(储存在摄氏2度)、A10(储存在摄氏10度)和C1(储存在摄氏30度)的稀少曲线。 显示增加顺序深度的水平线不影响观察到的ASV的数量。ASV,调幅序列变体。下载原图
不同温度下细菌的多样性
本研究使用α多样性来测量样本中的细菌群落的多样性,以16srna测序数据为基础。α多样性指数测量结果见 表5 . 表5 显示在样本A2和A10,分别为325和319。样本A2和A10中的香农指数值分别为2.35和3.08。辛普森指数在样本A2和A10中分别为0.83和0.81。

Table 5. 阿尔法多样性指数
储存处理    注意到    香农指数    辛普森指数
A2    325    2.35    0.83
A10    319    3.08    0.81
C1    104    3.18    0.16
阿尔法多样性是用基梅2的多样性指标计算出来的。东部小金枪鱼样本A2,储存处理在2°C时;a4,储存处理在4°C时;a10,储存处理在10°C时;C1,鱼类温度30°C时。

阿夫,调序序列变异;奇梅,微生物生态学的定量见解。

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细菌的相对丰度
细菌DNA测序结果可以描述东部小金枪鱼表面细菌的组成。东部小金枪鱼样本A2、A10和C1中细菌群落的相对丰度可在 Fig. 3 .细菌群落的条形图 Fig. 3结果表明,样本A2和A10中发现的门为6门,而C2为8门。属和杆菌属,样本A2和A10中确定的百分比最高。图中显示,样本A2和A10中的单节梭菌目占优势,分别占27.897%和22.462%,而C1的优势序为48.603%。样本A2中丰度较高的细菌的顺序为:肺螺旋菌(10.187%)、球囊螺旋菌(7.050%)。对于样本A10,也发现了相同的顺序,包括:卵泡螺旋菌(13.119%)和针孔虫(11.058%)。

fas-26-10-593-g3Fig. 3. 东部小金枪鱼样本A2(储存温度为2°C)、A10(储存温度为10°C)和C1(储存温度为30°C)的细菌相对丰度条形图。 条形图生成于奇梅2的订单级.对微生物生态学的定量观察。下载原图
在东部小金枪鱼样本A2、A10和C1中,细菌按顺序排列的温度图可见于 Fig. 4 .在A_2和A_10样品中,梭菌目和天冬藻属的丰度最高。样本C1中丰度最高的细菌的顺序是黄杆菌;这可以从热图可视化中浓度较高的顺序显示的颜色中看到。A_2和A10样品中的梭菌目数量分别为27.9%和22.6%。A_2和A_10样品中的链链链球菌的数量分别为20.7%和22.7%。具有48.6%黄杆菌丰度的C1样品。 Fig. 4结果表明,A_2和A10样品中的细菌种类和丰度与C1不同。A_2和A10样品中占优势的顺序是梭菌和双球菌,仅在C1样品中发现相对丰度为0%-2.3%。C1样品中占主导地位的是黄杆菌,也在A2和A10样品中被确定,相对丰度从0.3%到0.4%不等。

fas-26-10-593-g4Fig. 4. 东部小金枪鱼样本A2(储存在2°C时)、A10(储存在10°C时)和C1(储存在30°C时)中细菌相对丰度的热图。下载原图
东部小金枪鱼的病原体和腐烂细菌群
从测序结果中获得的数据表明,A_2和A_10样品中发现的几类细菌可能会对食用鱼和病原体的人类造成破坏。腐烂细菌的顺序会造成物理损害。样本A2和A10以及样本C1中被确定为潜在病原体和变质的细菌类型见 表6 . 表6 显示样本中发现的致病菌在0.1%-0.7%范围内的丰度相对较低。在样本中,分解细菌 迪克亚噬菌体 ,以及 不动杆菌在0.1%-1.4%之间。

Table 6. 东部小金枪鱼样本中潜在病原体和腐烂细菌群
紫杉属细菌的    %相对丰富        
A2 (reads = 135,206)    A10 (reads = 179,839)    C1 (reads = 187,101)
损坏细菌的            
 木兰菌溶菌    1.430    1.071    0.000
 克克亚噬菌    0.276    1.073    0.000
 不动杆菌    0.456    0.772    0.030
 希瓦尼拉    0.000    0.000    0.002
 假单胞菌    0.000    0.000    0.007
病原菌            
 变形虫    0.706    0.352    0.000
 光杆菌    0.155    0.286    0.000
 气单胞菌    0.000    0.000    0.077
 严格意义梭菌13    0.000    0.000    0.033
 罗西娅    0.000    0.000    0.007
东部小金枪鱼样本A2,储存处理温度为2°C;a4,储存处理温度为4°C;a10,储存处理温度为10°C;C1,鱼类温度为30°C。

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讨论
鱼的新鲜度可以从酸性或酸碱值的程度观察到。由于自溶过程和细菌的生长,不同贮藏处理的鱼类的酸碱值不同。酸碱度变化引起的细菌生长与鱼类质量的决定密切相关。储存时间和持续时间是影响冷却过程中PH值变化的因素.由 护士等。(2019年)结果表明,在第3天,冷冻储存过程中PH值的变化开始发生变化。在这项研究中进行的储存是24小时,所以这是导致微不足道的变化。众所周知,储存温度会影响酸碱值,其证据是,储存温度为2°C和4°C,与对照值相比,可能降低鱼类的酸碱值。

将从这项研究中获得的数据与其他研究人员的数据进行比较后发现,在储存温度为2°C和4°C时,同样的下降现象。温度在0-5℃之间的储藏降低了鱼肉的酶活性,而高温则增加了PH值。夏季处理和运输鱼类已被证明增加了鱼的酸性。由于在自溶过程中起作用的酶的活性降低(例如,酶的活性降低),PH值降低了微生物的活性。,组织蛋白酶)和鱼肉中的腐败。低温可以抑制组织蛋白酶的活性,从而控制衰变过程。酸碱值低也会降低细菌生长的能力,防止细菌将蛋白质分解成鱼肉中的氨基酸和挥发性碱化合物,从而防止碱性条件。碱性酸碱值大于7表明鱼的肉不新鲜。

A w 食品中的自由水含量。A w 显示微生物繁殖所需的水量。冰点以下的温度降低了水和冰的蒸汽压,降低了 w 价值。A w 可作为从微生物种类和发生的化学和生化反应的角度确定食品质量的参数之一。每种微生物的生长都需要不同的水分含量。A型食物 w 值大于0.98特别值得关注,因为它们为变质菌的生长提供了合适的条件。美国 w 数值超过0.98是适合 假单胞菌 spp. ( 哈凡等人。,2019 )。这些细菌在蛋白质含量高的食物中起着腐烂剂的作用,例如在低温下储存的鱼。带A的样本 w 值0.89~0.97成为革兰氏阳性菌(尤其是球菌群)和酵母生长的良好条件。

环境温度的变化导致鱼类体内的液体释放,即滴漏。流出的液体含有几种不能再吸收的营养成分。在这种液体中浪费的营养物质包括在水溶性肌质蛋白( 卡莱等人。2014年 )。蛋白质量的减少是由于肉的开放结构,使其无法与水结合,导致滴漏值增加。贮存时间的长短是影响冷却过程中滴漏量变化的一个因素.所获得的滴漏值的差异受储存期间所用温度的影响。温度差异会影响结缔组织和脂肪组织的强度,从而使鱼肌肉组织中的纤维和肌肉纤维间的分支结合起来。低温可以防止纤维间空间的拉伸,从而避免滴漏( 江等人。,2020年 )。含有蛋白质等营养素的液体不能再被鱼体组织吸收,从而降低鱼的品质( 梅里扎等人。,2016年 ).

样本序列数据的分析可以使用其2软件( 博兰等人。,2019 )。对NGS序列数据中的引物进行了清理,然后使用DADA2中的插件进行了质量滤波和去噪处理( 卡拉汉等人。,2016年 )。原读是通过质量过滤和去噪过程进行的,即去除低质量区域,以提高序列质量( 米恩等人。,2021年)。处理鱼类样本的不同处理会影响序列结果。温度显著影响细菌DNA序列的数量,这表明了样品中细菌的丰度。C1样本中的细菌DNA序列数目与A2和A10样本有显著差异。温度、环境卫生条件和取样时间的不同导致在C1样品中发现的高细菌序列。在30℃时对东部小金枪鱼进行研究的C1样本。来自市场的相对湿度和直接暴露在空气和车辆烟雾中的鱼类导致了鱼体内细菌的发展。30℃的温度是细菌生长的最佳条件。这一点可以从来自 西布里等人。(2012年) 世卫组织发现,30℃时产下的牛奶鱼中的细菌数量要比10℃时大得多。在10℃时储存的牛奶鱼没有发现细菌生长。低温储存鱼类可抑制细菌的生长,从而维持鱼类的质量。

稀薄曲线包含关于x轴上的测序深度(读取)和y轴上的观测到的ASV数量的信息。ASV的数量表明样本中存在的细菌种类的多样性。利用ASV值进行细菌群落分析的原理是基于序列差异的水平,例如93%、95%和97%( Schloss, 2021 )。平面曲线表明,利用测序工作进行ASV识别是足够的。这一点的证据是原子能机构的数量没有增加的顺序深度(读)。

利用α多样性测量多样性描述了与丰富性(分类群的数目)和均匀性(分类群的丰度分布)有关的生态群落结构; Willis, 2019 )。α多样性指数测量结果能够描述样本中一个群体的丰富程度,包括关于财富(丰富性)和均匀性(均匀性)的信息。丰富度和均匀度值表示样本中均匀物种的数量和分布( Robert, 2019)。这两个值是测量样品中细菌群落多样性的主要因素。香农指数值越高,细菌群落的多样性越高.对辛普森指数值的解释与香农值略有不同,这个值的范围为0-1。辛普森的值接近于0,表明样本在细菌群落中具有更高的多样性。上表多样性指数测量结果表明,由于采用了温度处理方法,样品A10在细菌群落中的多样性水平高于样品A2。结果还表明,在温度处理为30℃的C1样品上也存在这种情况。样本C1具有较高的香农值和较低的辛普森值。因此,得出结论,C1样本的细菌多样性高于A2和A10样本。当一个样本中的物种丰富度和均匀度增加时,细菌群落的多样性会增加( 金姆等人。,2017年 )。香农指数值描述了物种的丰富性,而辛普森指数则描述了均匀性。

东部小金枪鱼样本细菌相对丰度的结果 Fig. 3 显示属和细菌门是在样本A2和A10中确定的比例最高的门。由 卡尔达-迪格斯等人。(2014年) 所发现的数据是相同的:1门门、短杆菌和变形杆菌是最主要的细菌。 安圭拉 鱼。这些结果得到了来自 里莫尔迪等人。(2020年) ,他在欧洲海鱼中发现了主要的细菌( 唇连体 林奈,1758年),其中之一来自于长尾纲。

在样本A2和A10中,长叶门梭菌目占多数。本样本中梭菌目的优势地位得到了来自 罗德里格斯等人。(2021年) 证明这种类型的细菌在海水中很丰富。这是样品中梭菌目细菌占优势的原因。除了它们的栖息地,船上处理鱼类的过程和用来冷冻鱼类的冰也是细菌污染的来源(庄等人)。,2021年)。长期以来,鱼类与来自海水的原料--冰块直接接触。细菌类型 梭菌属、微球菌、乳杆菌、白血球c 和 四球菌 是在金枪鱼和鱼体内形成组织胺的革兰氏阳性细菌。来自环亚亚胺目的细菌的存在可能会导致鱼体内组织胺含量高。低温储存可抑制组织胺形成菌的生长,使鱼体内的组胺水平保持在安全限度以下( 护士等。,2020年 ).

在A2和A10的样本中均发现了卵泡螺旋菌。拉氏螺旋菌是革氏阳性,高厌氧,不动,无点状,和纺锤状的棒成对和短链排列。这些细菌能够合成乳酸、甲酸、醋酸和琥珀酸作为葡萄糖发酵的最终产物。东部小金枪鱼样本的质量受到其他低丰度细菌的影响,如细菌目、光化细菌和短杆菌。通常在海洋水域、动物的皮肤和肠子上都有杆菌目。这些细菌不形成孢子,是棒状的,包括革兰氏阴性细菌。进行的研究 张等人。(2021年) 在斑马鱼中也发现了短杆菌( 达尼奥雷里奥 汉密尔顿,18A)。这类细菌可以帮助将粘蛋白等碳水化合物代谢成短链脂肪颗粒,从而为肠胃细胞增加能量,抑制淡水鱼的潜在病原体( 里莫尔迪等人。,2018年 ).

在同一采样点发现的东部小金枪鱼的细菌群落可能显示不同的结果。本研究发现,在东部小金枪鱼中,没有从传统市场获得冷处理的细菌黄杆菌的顺序。在30℃(C1)下,样本中黄杆菌的相对丰度百分比为48.603%( Fig. 3 ).

三个样品中细菌相对丰度的差异也可以通过不同颜色等级显示的热图显示出来。可视化热图使比较三个样品中细菌的相对丰度变得容易。细菌相对丰度的温度图 Fig. 4 显示了不同样本中细菌数量的差异。这一结果可能受到不同卫生条件的研究人员取样的影响。处理过程,设备的清洁度,以及与鱼接触的表面都是结果中的因素。黄杆菌是鱼类中的一种变质菌( 谢哈塔等人。,2020年 ).

这些细菌通常存在于自然的水生环境和水族馆。由这些细菌引起的疾病的特征是在鱼的身体、鳃或鳍表面出现外部感染。在仍然活着的鱼类中,这种疾病往往以死亡告终,导致水产养殖业的巨大经济损失( 朱姆里亚等人。,2017年 )。对A_2和A_10样品进行冷库温度处理,可以抑制变质菌的生长,例如保持鲜鱼形态的黄芽目。

在样本中还发现了具有潜在的变质和致病菌群的细菌属。可能是致病菌的属包括 变形虫 和 光杆菌 .属的细菌 变形虫 是革兰氏阴性的,能够对鱼的鳍造成伤害并感染其肌肉组织。属 变形虫 在人类和动物中都有发现( Drzewiecka, 2016 ). 变形虫 和 海西 细菌已成为对水产养殖业的一种新的威胁,并在若干种类的鱼类中造成很高的死亡率,例如鲤鱼( 卡皮奥 林奈,1758年)和石斑鱼( 阿卡拉 Temminck & Schlegel, 1842; 刘等人。,2016年 )。其他致病菌是 光杆菌 :弧菌科中的革兰氏阴性、氧化阳性和加泰罗尼亚阳性菌。这些细菌可以产生组氨酸脱羧酶生成组胺。细菌产生的组胺受温度的影响,温度分别为4℃和30℃;金枪鱼样本中产生的组胺为296毫克/千克,超过2,000毫克/千克( Kanki等人。,2007年 ).

有可能成为变质细菌的细菌包括 L. 木兰菌,D。 食物 ,以及 不动杆菌。L.木兰菌 是一种革兰氏阳性、好氧、形成孢子的细菌,在PH值5-9和20℃-45℃(中嗜菌)的温度范围内以最佳方式生长。这些细菌能够降解木聚糖,木聚糖是一种高分子单位B-1,4-D-木聚糖。研究 王等人。(2010年) 从同一个属中分离出的细菌,即 丝状溶菌, 河豚的肝脏( Fugu奥布斯库鲁斯 阿部,1949年)。已知这种细菌有能力产生河豚毒素。河豚毒素;c 11 H 17 N 3 O 8 ,分子量319)是一种强有力的神经毒素,通过攻击神经导致瘫痪并导致死亡( 英曼和杜布瓦,2003年 ).

致病菌群和变质菌群的相对丰度较低,这表明来自A2区、A10区和C1区的东部小金枪鱼样本是安全食用的。经交易的金枪鱼可以通过妥善处理鱼类来维持其质量和食品安全。其中一个因素是适用于样品的冷链分布.运输方式可以是汽车/卡车绝缘,也可以是把鱼放在充满冰的泡沫塑料里。在销售过程中,鱼的低温需要通过在鱼身上洒冰来维持。收到的鱼在出售前需要用清水清洗。鱼的解冻过程必须按照标准进行。在处理鱼的过程中,戴上手套和清洁设备以避免细菌污染。未售出的鱼被储存在冰箱或低温下。良好的卫生条件可以减少鱼类表面的细菌污染。在分配过程中保持冷链能抑制细菌的活性和生长